申請(qǐng)人可以通過電子提交、面交、郵寄或傳真四種方式向歐洲專利局或成員國(guó)的主管當(dāng)局提交歐洲專利申請(qǐng)。但是，分案申請(qǐng)必須直接提交到歐洲專利局。以電子提交或者郵寄、傳真等方式提交的，申請(qǐng)日為歐洲專利局的收到日。面交或者交至歐洲專利局的自動(dòng)郵筒的，提交當(dāng)日即為申請(qǐng)日。該規(guī)則同樣適用于成員國(guó)的主管當(dāng)局。
接收申請(qǐng)的主管當(dāng)局會(huì)盡快將請(qǐng)求書1001表第8頁作為回執(zhí)發(fā)送給申請(qǐng)人，在該頁記錄申請(qǐng)文件的收到日和申請(qǐng)?zhí)?。如果一份申?qǐng)是提交至國(guó)家主管當(dāng)局再轉(zhuǎn)發(fā)給歐洲專利局的，歐洲專利局將據(jù)此再次發(fā)送給申請(qǐng)人一份簽收文件，上面載有歐洲專利局簽收時(shí)間（請(qǐng)求書1001表第8頁）。申請(qǐng)人收到此文件后，后續(xù)所有的文件都應(yīng)該直接向歐洲專利局提交。
成員國(guó)對(duì)于明顯不涉密的申請(qǐng)，在收到申請(qǐng)后6周內(nèi)傳達(dá)歐洲專利局。對(duì)于需要進(jìn)一步審查是否涉密的申請(qǐng)，該期限延長(zhǎng)至收到申請(qǐng)后4個(gè)月，或者優(yōu)先權(quán)日起14個(gè)月（要求優(yōu)先權(quán)情形）。
提交申請(qǐng)時(shí)請(qǐng)求書1001表中默認(rèn)指定全部38個(gè)成員國(guó)。在單獨(dú)指定的情況下，瑞士和列支敦士登必須被同時(shí)指定。申請(qǐng)還可延伸至延伸國(guó)波黑和黑山。盡管提交申請(qǐng)時(shí)默認(rèn)指定所有成員國(guó)，然而后續(xù)需要繳納一筆指定費(fèi)來確認(rèn)指定，指定費(fèi)目前是580歐元，應(yīng)在歐洲檢索報(bào)告公布6個(gè)月內(nèi)繳納，指定覆蓋所有成員國(guó)，除非特別撤回對(duì)某成語國(guó)的指定。延伸也是申請(qǐng)時(shí)默認(rèn)，需后續(xù)對(duì)每個(gè)延伸國(guó)繳納延伸費(fèi)來確認(rèn)延伸。
歐洲專利從提交申請(qǐng)到授權(quán)大概需要3-5年。在特定情形下，歐洲專利局將基于歐洲專利申請(qǐng)加快程序的規(guī)則盡力減少正常的處理時(shí)間。
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