在PCT申請進入國家的期限屆滿前，申請人必須決定是否進入國家階段以及進入的國家。申請人可以選擇直接辦理進入目標(biāo)國的進入手續(xù)，也可以選擇辦理通過歐洲專利局進入歐洲地區(qū)階段的手續(xù)，待歐洲專利局授權(quán)后再到《歐洲專利公約》（簡稱“EPC”）的38個成員國和2個延伸國辦理生效手續(xù)。
選擇直接進入目標(biāo)國的國家途徑，還是通過歐洲專利局進入目標(biāo)國的途徑，取決于申請人希望進入的國家。如果申請人希望進入的歐洲國家僅一兩個，且是英國或德國等可以直接通過PCT辦理進入國家階段手續(xù)的國家，則直接進入目標(biāo)國的途徑更經(jīng)濟、便捷。如果目標(biāo)國為上述11個關(guān)閉了PCT申請直接進入其國家通道的國家，如法國，則必須經(jīng)過歐洲專利局辦理進入手續(xù)。如果申請人希望進入的目標(biāo)國為歐洲地區(qū)多個國家，處于經(jīng)濟的考慮，更適于辦理通過歐洲專利局進入歐洲地區(qū)階段的手續(xù)，待歐洲專利局授權(quán)后再到EPC各成員國辦理生效手續(xù)。
如果申請人希望獲得歐洲專利，則必須進入的是“歐洲地區(qū)階段”，意味著必須在期限內(nèi)滿足歐洲專利局作為指定局或選定局的進入歐洲地區(qū)階段的要求。進入歐洲地區(qū)階段的PCT申請被稱為Euro-PCT申請。
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