根據(jù)《商標國際注冊馬德里協(xié)定》、《商標國際注冊馬德里議定書》以及《商標國際注冊馬德里協(xié)定及該協(xié)定有關(guān)議定書的共同實施細則》的規(guī)定辦理馬德里商標國際注冊申請的，申請人應(yīng)在規(guī)定期限內(nèi)向世界知識產(chǎn)權(quán)組織國際局（以下簡稱“國際局”）繳納申請規(guī)費。根據(jù)國際局發(fā)布的收費標準，馬德里商標國際注冊新申請費用由以下部分組成：
一、基礎(chǔ)注冊費：653瑞士法郎（黑白圖樣）或903瑞士法郎(彩色圖樣)。
二、補充注冊費：每個指定締約方收取100瑞士法郎，要求單獨規(guī)費的締約方除外。
三、附加注冊費：在有補充注冊費的情況下，如商品/服務(wù)的類別超過3個，每增加1個類別，增加100瑞士法郎。
四、單獨規(guī)費：某些締約方會要求收取單獨規(guī)費。
單獨收取規(guī)費的國家及收費標準如下：
單獨收費的標準不是固定的，國際局將根據(jù)匯率的變化或者應(yīng)單獨收費國因國內(nèi)收費標準變化的要求及時將各國新的單獨收費標準通知各成員國。括號內(nèi)為集體商標收費標準。
另外，日本、加納的單獨規(guī)費分申請費和注冊費兩次收取。具體表現(xiàn)在：在新申請或后期指定中指定日本或加納的，申請人先繳納申請費，待日本特許廳或加納工業(yè)產(chǎn)權(quán)局審查核準后，通過國際局通知申請人繳納注冊費。其中，日本申請費用為140瑞士法郎，注冊成功后收取注冊費用467瑞士法郎；加納申請費用為156瑞士法郎，注冊成功后收取注冊費用104瑞士法郎。申請費可以由申請人或代理機構(gòu)直接向國際局繳納，也可以通過商標局轉(zhuǎn)交；注冊費需要根據(jù)國際局通知上的要求直接向國際局繳納。實踐中，申請人收到通知后，一般由代理機構(gòu)直接依據(jù)指定賬戶付款，并要求列明付款明細進行付款。
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